Reprezentační kariéra
Reprezentace do 20 let
Bylo mu nabídnuto hrát za španělský národní tým, on ale odmítl a rozhodl se nastupovat za zemi, ve které se narodil. V červnu 2004 byl povolán do reprezentace do 20 let na přátelský zápas proti Paraguayi.
O rok později v červnu 2005 hrál na Mistrovství světa ve fotbale hráčů do 20 let, které se konalo v Nizozemsku. Tam se stal nejlepším střelcem, vsítil celkově šest branek a byl vyhlášen nejlepším hráčem turnaje.
A-mužstvo
V srpnu 2005 jej povolal do A-týmu argentinské reprezentace trenér José Pekerman. Debutoval 17. srpna 2005 v přátelském zápase proti Maďarsku v Budapešti. Na hřiště šel v 63. minutě, ale na ploše strávil pouze 40 sekund. Rozhodčí Markus Merk jej vyloučil za strkanici s maďarským obráncem. Rozhodnutí rozhodčího rozčílilo mnoho hráčů Argentiny a také Diega Maradonu, který sám prohlásil, že vyloučení bylo neregulérní. Argentina vyhrála 2:1, přestože hrála v oslabení.
29. února 2012 zaznamenal Lionel Messi svůj první hattrick v argentinském dresu. V přátelském utkání proti domácímu Švýcarsku v Bernu se trefil v 19., 88. a 92. minutě a zařídil tak výhru Argentiny 3:1.
Druhý hattrick si připsal v přátelském utkání 9. června 2012 s tradičním kontinentálním rivalem Brazílií, které se odehrálo na neutrální půdě v East Rutherford v USA. V napínavém zápase se skóre přelévalo z jedné strany na druhou, Lionel Messi zaznamenal ze čtyř argentinských gólů celkem tři a jeho tým pokořil Brazílii poměrem 4:3.
Mistrovství světa ve fotbale 2006
Zranění z března mu značně zkomplikovalo účast na MS 2006, přesto jej trenér nominoval. Hrál i na samotném turnaji. V druhém zápase skupiny vystřídal Maxi Rodrigueze a zahrál si proti Srbsku a Černé Hoře. Tehdy Argentina porazila soupeře vysoko 6:0 a Messi také přispěl gólem , který z něj učinil na Mistrovství světa v Německu nejmladšího střelce a šestého nejmladšího v celé historii šampionátu.
Lionel v argentinském dresu a s céčkem :)